Het orgel van de Sint Willibrordkerk heeft een interessante geschiedenis die nauw verweven is met die van de kerk zelf. Nadat de kerk in 1877 was voltooid, duurde het nog enkele jaren voordat er voldoende fondsen waren verzameld voor een passend orgel. In 1883 werd opdracht gegeven aan Michaël Maarschalkerweerd voor de bouw van een nieuw orgel, dat in 1885 werd opgeleverd en ingewijd.

Het was een ambitieus project voor die tijd, met een kostprijs van 12.000 gulden (een aanzienlijk bedrag in die periode). De neogotische orgelkast werd ontworpen door architect Alfred Tepe, in harmonie met de architectuur van de kerk, en uitgevoerd door de meubelmaker Gerard Barenbrug uit Utrecht.

Het orgel heeft de tand des tijds redelijk doorstaan, maar onderging in de jaren 1930 en 1960 enkele wijzigingen, waarbij sommige registers werden vervangen en de dispositie werd aangepast aan de toen heersende smaak. In de jaren 1960 werd ook elektropneumatische tractuur geïnstalleerd ter vervanging van de oorspronkelijke mechanische tractuur.

In 2008-2010 vond een grondige restauratie plaats door de firma Verschueren Orgelbouw uit Heythuysen, waarbij het streven was om het orgel zoveel mogelijk terug te brengen in de oorspronkelijke staat. De mechanische tractuur werd hersteld, de originele dispositie werd gereconstrueerd, en de windvoorziening en het pijpwerk werden grondig gereviseerd.

Deze restauratie, mogelijk gemaakt door bijdragen van diverse fondsen en donateurs, heeft het orgel weer zijn authentieke 19e-eeuwse karakter teruggegeven. Op 21 november 2010 werd het gerestaureerde orgel feestelijk in gebruik genomen met een concert door organist Jan Jansen.

De orgelbouwer Michaël Maarschalkerweerd (1838-1915) was een toonaangevende figuur in de Nederlandse orgelbouw van de late 19e en vroege 20e eeuw. Hij zette het bedrijf voort dat zijn vader Pieter Maarschalkerweerd in 1840 had opgericht in Utrecht.

Michaël Maarschalkerweerd ontwikkelde een eigen stijl die sterk werd beïnvloed door de Franse romantische orgelbouw, in het bijzonder door het werk van Aristide Cavaillé-Coll. Zijn instrumenten combineren echter Franse invloeden met een typisch Nederlands karakter, resulterend in een eigen, herkenbare klankkleur.

Hij bouwde voornamelijk orgels voor katholieke kerken in Nederland, waaronder bekende instrumenten in de Sint-Catharinakathedraal in Utrecht, de Sint-Josephkerk in Haarlem en de Sint-Nicolaasbasiliek in Amsterdam.

Het orgel in onze Sint Willibrordkerk is een typisch voorbeeld van zijn werk uit zijn middenperiode, waarin hij de overgang maakte van klassieke naar meer romantische concepten. Het instrument vertoont zowel klassieke elementen (in de opbouw en sommige registers) als romantische kenmerken (in de algehele klankkleur en de strijkende stemmen).